Första ordförandeskapet 2001
Under det första halvåret 2001 var det för första gången Sveriges tur att leda EU-arbetet i rådet. Flera stora toppmöten hölls också på svensk mark. Utvidgning, miljö och sysselsättning var de främsta prioriteringarna. På engelska kom de att kallas de tre E:na: enlargement, environment och employment.
På asyl och migrationsområdet gjordes ett viktigt arbete under Sveriges EU-ordförandeskap som påbörjades några år tidigare i Tammerfors 1999. Bland annat antogs ett direktiv om tillfälligt skydd av flyktingar. Bakgrunden var kriget i f.d. Jugoslavien under 1990-talet då människor flydde och fördrevs från sina hem och hemländer i stor skala på kort tid. Den 20 juli 2001 antog rådet det första direktivet på asylpolitikens område. Här fastslogs miniminormer för tillfälligt skydd vid massiv tillströmning av flyktingar och åtgärder för att balansera de olika medlemsländernas mottagarinsatser. Detta var det s.k. massflyktsdirektivet som aktiverades för första och hittills anda gångenden 4 mars 2022, en vecka efter Rysslands storskaliga och folkrättsvidriga militära invasion av Ukraina.
Andra gången 2009
Under det andra halvåret 2009 innehade Sverige ordförandeskapet i EU-rådet för andra gången. Regeringens två övergripande ambitioner var att EU skulle fortsätta att ta ansvar för klimathotet och att EU skulle gå stärkt ur den ekonomiska krisen. En annan viktig prioritering var att EU skulle fortsätta att utvecklas mot ett tryggare och öppnare Europa genom antagandet av Stockholmsprogrammet.
På asyl- och migrationsområdet slogs fast att en av EU:s största utmaningar i framtiden är att hantera migrationsströmmarna till unionen och att väl hanterad migration kan vara positivt för alla berörda parter. Vikten av att genomföra och vidareutveckla EU:s globala ansats för migration betonades samt att migrationsfrågorna tydligare borde integreras i fler av EU:s politikområden, inte minst i den gemensamma utrikespolitiken. Betydelsen av partnerskap med tredjeländer var också tydlig. Därutöver lyftes också det faktum att EU borde ha en samstämmig politik för utveckling med utgångspunkt i migration, liksom de viktiga sambanden som finns mellan klimatförändringar, migration och utveckling.