Joakim är professor i statskunskap vid Uppsala universitet sedan 2009 där han bland annat leder ett forskningsprojekt kring effekterna av den globala finanskrisen på inte minst politik och sociala förhållanden i Europa. Han är också knuten till Uppsala Centre for Labour Studies.

Tidigare har han varit chef för Institutet för framtidsstudier (2002-2011), ordförande i Kommittén Välfärdsbokslut (1999-2001) och anställd vid Institutet för social forskning (1980-2009).